La MRC est administrée par un conseil d'administration composé du maire de chacune des municipalités locales faisant partie du territoire de la MRC.  Dans le cas de la MRC d'Abitibi-Ouest, elle est gouvernée par un conseil d'administration de 21 maires(ses) présidé par un préfet.

Le préfet représente la plus haute autorité au sein du conseil d'administration de la MRC. Il est élu au scrutin secret par ses pairs.  Le mandat du préfet est de deux ans et il peut être réélu aussi souvent qu'il est maire de sa municipalité.  L'actuel préfet de la MRC d'Abitibi-Ouest est M. Jaclin Bégin, maire de la municipalité de Ste-Germaine-Boulé.  Il occupe la préfecture depuis 2014.

Le conseil d'administration nomme, parmi ses membres, un préfet suppléant, lequel, en l'absence du préfet ou pendant une période vacante, remplit les fonctions de préfet.  Le préfet suppléant est choisi parmi les maires(ses).  Le poste est actuellement occupé par Mme Lina Lafrenière, mairesse de Macamic.